綜合保稅區是海關特殊監管區域的一種，海關特殊監管區域的創立是中國對外開放不斷深化的結果。
改革開放以來，隨著中國經濟的不斷發展，對外貿易額不斷盤上，陸續出現了一批有中國特色的保稅監管區域。1990年，上海外高橋保稅區最早設立，其后，根據經濟發展的需求，出口加工區、稅保物流園區、保稅港區、綜合保稅區等各類海關特殊監管區域誕生。為不同時期，我國承接國際產業轉移、促進對外經濟合作，提升區域競爭力做出了重要貢獻。截至2018年底，中國擁有海關特殊監管區140個，其中綜合保稅區96個。
上海自由貿易試驗區成立后，外高橋保稅區、外高橋保稅物流園區、機場綜保區、陽山保稅港區等特殊監管區域作為核心區域被納入其中，自貿區改革落地在海關特殊監管區域。
綜合保稅區作為落實自由貿易試驗區貿易便利化改革創新措施的重要載體，在促進自由貿易區進行功能升級、業務創新，引導區域科學發展，推進貿易投資便利化水平作用明顯。體現了國家賦予海關特殊監管區域轉型升級的戰略意義，對于進一步促進貿易投資便利，優化區域產業布局和發展能級，打造高水平開放新平臺將發揮積極推動作用。
前文提及，自由貿易試驗區與綜合保稅區更多的屬于自由貿易園區（FTZ）的范疇。
自由貿易園區通常被視為“境內關外”：園區位于設區國國境之內，受設區國政府治理；進入園區的貨物應免除進口環節的關稅和其他各稅；海關在園區應免于實施慣常的海關監管，實行另一套特殊政策。并實行“一線放開，二線管住，區內自由”的管理原則。但自由貿易園區并無統一類型，也沒有標準范式，各國的自由貿易園區也各不相同。我國海關特殊監管區域在建立之初，借鑒了世界自由貿易園區的經驗，在發展中又結合中國國情形成了自身的特色。
自由貿易園區的功能與一個地區的經濟條件、時代環境、地理位置和政策資源有關。同一個國家的自由貿易園區，即便擁有同樣優惠政策和條件，也可能有不同的側重點。從國際上看，各國自由貿易園區的主流模式是“制造加工+轉口貿易”，只有少數自由港發展成為以離岸金融、商業零售及旅游等產業為主的綜合性自由貿易園區。我國的綜合保稅區雖然功能設定較寬泛，涵蓋了國外自由貿易園區的大部分功能，但功能的實際效用發揮上大多并不理想。目前除了少數綜合保稅區發展國內外轉口貿易成績比較突出玩，大多數綜合保稅區的功能還局限于加工制造以及與之相關的進出口貿易和倉儲物流業務，而且即便是加工制造業，也局限于電子信息等少數產業類型。
我國綜合保稅區的功能有：國際轉口貿易、國際采購、倉儲物流、分銷與配送、國際中轉、研發，加工與制造、檢測與維修、口岸作業、商品展示。
現狀與機遇
2018年1-11月，全國海關特殊監管區域實現進出口值4.7萬億元人民幣，同比增長12.3%，占同期中國外貿進出口總額的16.8%，以占全國二萬分之一的土地面積，實現了約六分之一的外貿總量。
由于我國很難通過規模化發展國際轉口貿易成為以離岸金融、商業零售及旅游等產業為主的綜合性自由貿易園區。合適的選擇是將這些區域的功能定位為“加工深化+多元貿易”，加工深化指制造業產業鏈的延伸，除了加工制造，還應包括前端的研發和后端的維修。多元貿易指貿易方式的多元化，除了服務于區內企業開展保稅加工、保稅物流的進出口貿易，還應包括國內轉口貿易，國際轉口貿易，離岸轉口貿易，以及各種形態的準離岸轉口貿易，甚至國內貿易等。
國家“十三五”規劃綱要明確提出了“創新、協調、綠色、開放、共享”的新發展理念，并指明了在適度擴大總需求的同時著力推進供給側結構性改革的發展主線。從2013年9月到2019年8月我國以1+3+7+1+6分5批次在發達地區、沿海地區、內陸地區、沿邊地區設立了18個自由貿易試驗區，明確表明改革開放依然是我國當前經濟發展的重要抓手。
自由貿易試驗區的建設，客觀上推動了我國綜合保稅區的制度創新。2019年年初，黨中央、國務院發布關于推動形成全面開放新格局的決策部署，將加強推進綜合保稅區功能升級，支持綜合保稅區率先推廣自由貿易試驗區試點經驗，推動各類海關特殊監管區域整合提升。2019年10月16日國務院總理李克強主持召開國務院常務會議，會議指出支持在中西部地區優先增設一批綜合保稅區。
提供的服務
作為“一帶一路”倡議與自由貿易區對外貿易政策銜接點，中機院對外經濟究所針對海關特殊監管區域提供：政策解讀、發展規劃、轉型升級策劃、空間規劃、功能布局、產業規劃以及招商運營一體化解決方案。
